Удалять эту папку крайне не рекомендуется. Если будешь доустанавливать какие-либо компоненты Windows или драйвер нового устройства из состава Windows, при наличии новой версии в этой папке оно возьмется оттуда. При отсутствии папки, возьмется старая версия файла из оригинала поставки, что скорее всего приведет к глюкам в работе.

Раньше в NT4.0 при любой переконфигурации нужно было заново накатывать сервис-пак. В w2k это более не требуется как раз по причине существования папки ServicePackFiles