Поищи Norton CleanSweep. Давненько у меня была версия под NT4, но потом перешел на W2k и та версия CleanSweep'а не стала работать, а новую я тогда не нашел. Мне эта штука понравилась. Запускаешь CleanSweep, потом запускаешь то, что хочешь инсталлировать и в результате получаешь список измененных/созданных файлов, каталогов и ключей реестра. Для твоей задачи, мне кажется, то что надо. Можно конечно воспользоваться и sysinternal'овскими утилитами RegMonitor и FileMonitor, но там будет туева хуча ненужной информации.