Спасибо Димдим за неординарный вопрос. Попытка выяснить ответ на него приводит к результату - нельзя (Help->Storing Data->Disk Management->Concept->Understanding Disk Quotas->Folders and disks). Интересно, почему? IMHO, из-за DFS и "ссылок". Обсуждение граблей в (Windows 2000 server resource kit->Server Operation Guide->Storage, File Systems, and Printing->File Systems->About Windows 2000 File Systems-> The NTFS File System, раздел disk Quotas)
Как и в унихе, мы можем сделать много ссылок на один и тот же файл на данном устройстве, и никакая из них не будет "главной" - все одинаковые. Опять же, мы можем смонтировать в католог другие диски, и что тогда считать за лимит. Стоит, наверное, подумать - м.б., есть другой алгоритм, более адекватный нашим задачам. Хотя, М$ в чём-то правы - ведь и впрямь, в практических задачах мы ограничиваем именно размер на данном логическом диске.

>можно установить квоту на папку какими-нибудь ср-ва сторонних разработчиков
Был такой продукт - Quota Manager. По слухам, именно их технология была использована в Win2000 (м.б. я и ошибаюсь). Мог управлять квотами на самые разнообразные ресурсы (на время юзеров, например). Вероятно, жив и сейчас. Вряд ли он freeware, но может стоить попробовать.
Удачи!