Может быть специалисты уже сталкивались с такой проблемой.
В процессе загрузки Windows Me запускатеся программа проверки реестра, сообщает об ошибке доступа к реестру, и перезагружает машину. Если завершить задачу проверки реестра до того как она перезагрузит машину, то система внешне работает нормально, но изменения в некоторых ключах реестра из программ Regedit и RegCleaner игнорируются.
Ставил эту же систему с "чистого" резервного диска в другой каталог и проверял антивирусом, - чисто, ни вирусов, ни ошибок доступа к файлам, в старой системе антивирус (AVK Lite) не ставится.


Как можно узнать, какой процесс блокирует доступ к реестру или восстанавливает реестр после изменения?

А может быть не там искать надо искать?