Если проверяются при перегрузе разделы, то для этого необходимо в реестре по адресу [HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager] изменить ключ "BootExecute". По умолчанию там стоит "autocheck *", "*" можно попробовать поменять на букву раздела, который следует проверять. Впрочем, возможно это приведёт к тому, что никакие разделы не будут проверятся вообще, полной уверенности о работе этого ключа нет. Или вообще удалить этот параметр.