Вначале нужно узнать, что именно это за процесс.
Для этого воспользуйтесь или Process Tree из Resource Kit, или вот этой бесплатной утилитой от Русиновича : Process Explorer
Удачи!

>Но что за процесс я знаю - Services.exe.
А в евентлогах ничего не видно? (Вас интересуют события системы и события приложений)
Удачи!

Что бы я попытался проверить (пригодилась бы возможность перекинуть диск на другую машину, чтобы посмотреть - что там):
1. (Невероятно, но всё же) - я однажды видал такое поведение машины. Позвали помочь. После некоторого траха неожиданно выяснилось, что очумелые ручки отключили в БИОСе кэширование ;)
2. Может, мало места на диске - например, некуда расти логам или временным файлам или свопу?
3. Может, мал (повреждён) один из файлов свопинга?
4. Может, нарушена структура диска?
Это можно посмотреть из Recovery Console, по моему. Проверку диска - точно.
5. Если ничего из этого, и система тормозит сразу при старте (кстати, это так? Или после логона?) то:
7. Загрузится в режиме с записью протокола загрузки. М.б., даже в режим командной строки - можно увидеть, где она остановиться, или в протоколе прочитать, что случилось
8. Если не помогло - из ммс, но если не (или долго) открывается - из Recovery Console попытаься отключить все сервисы, кроме минимально необходимых. Если это поможет - то посмотреть настройки системы (файлы свопинга, целостность дисков, свободное место и .д.), затем постепенно включать нужные сервисы.
Если нет надо подумать ;).
Удачи!

>Система тормозит не сразу при старте, после логина
Ага! Это другое дело!
Следовательно, когда на сервере никто локально не зашёл - всё нормально? Значит, нужно искать, что запускается при логине этого юзера.
А есть ли станция в сети с Win2000 или ХР, с которой можно поключиться к серверу админом?
Если есть - нужно:
1. Залогинится тем юзером, на котором тормозит сервер - на станции. Посмотреть - всё ли нормально.
2. Подключится к серверу оснасткой "управление компьтером", далее все действия с рабочей станции.
3. Посмотреть, что за сервисы запущены. Отключить те, что не нужны. Посмотреть, кто грузит - pslist (комплект PsTools) с того же sysinternals.
4. Подключится к реестру, проверить ветки автозапуска юзера, на котором тормозит (чтобы вспомнить, где искать - утилита того же Русиновича autoruns, найти там же). Отключить ему на фиг все хранилки экрана. Можно удалить (скопировать) профиль юзера.
Удачи!