YuraIIIвсем спасибо за советы,

стоит NTFS, Но вот интересует именно замер в плоть до секунд.
Спасибо

Значение имеет не только это.
- фрагментация/расположение файлов;
- наличие антивирусного ПО;
- прочий доступ к диску в это время;
- нагрузка на сетевой интерфейс/канал;
- ...

По-возможности заливайте все в один файл(архив - хоть вообще без сжатия) и копируйте именно его.

Замер чего?
Вам же уже сказали, что нужно различать время на сканирование диска(MFT, файлов) и время передачи данных по сети. Вы сможете обеспечить раздельный замер? Скорее всего нет.

P.S. Как производит сравнение(т.е. на чем основано ваше заключение "бастрее/медленее"), уж не визуально ли в GUI интерфейсе?

Риторический вопрос... зачем? :)

Не всё так просто :)

С точки зрения таблицы размещения файлов, то чем меньше вложенность, тем быстрее будет отдан файл. Но в NTFS есть индексы и как они работаю я объяснить не берусь, по моему они ни так зависимы от вложенности. Это я к тому что в NTFS есть два способа поиска файлов.
По умолчанию (могу ошибаться, надеюсь меня поправят) используется метод доступа по индексам.

Большое количество файлов в одном каталоге трудно обработать любым файловым менеджерам. Это влияет на скорость отрисовки. Поэтому, для оценки скорости копирования, такой метод не подходит - тормоза не от FS а от GUI.

Как проверить...
В который раз вопрос: что проверить, время поиска файла или время прокачки его по сети? Вы поймите, это принципиально разные моменты.
Время поиска можно проверить тестировщиками винта. Скорость интерфейса - да просто копированием большого файла.
Но имея эти результаты нельзя понять какая же скорость копирования множества мелких файлов должна быть.... на это влияет много сторонних фактор (см. выше).

Репозитарий.
Для организации таких вещей есть сервера баз данных. В частности, есть ориентированные именно на эту задачу. Например вот Apache cassandra .
Правда, нужно научить приложение забирать оттуда файлы :)


Microsoft, кстати говоря, предоставляет два способа доступа к файлам на шарах.
1. То что используете вы - просто шара. Насколько я понимаю, то вы используете именно этот способ.
2. Монтирование сетевой шары как сетевого диска.

Чем они различаются? Ответа я не знаю - спрашивал/искал... без результатно (может кто из форумчан поделится сим знанием сокральным). Но в рекомендациях по работе с базами данных (файл-серверными, разумеется) встречал рекомендацию монтировать каталог на удаленной машине именно как сетевой диск. Вполне возможно что это потому что драйвера не могли работать с UNC путями... а возможно из-за другой организации кэширования, особенностей ввода/вывода...
Попробуйте так.

Как замерить...
Да на любом скриптовом движке вывыдее время начала работы скрипта и окончания. Только вот что вы померяете таким образом, я затрудняюсь ответить. Но приблизительный ответ на быстрее/медленние вы получите.

А что PerfMon и... ну скажем, ProcessXP (от Руссиновича) показывают при копировании?