Странно, если тормозит ОС, то в перфоманс мониторе должно же отражаться. А так у СХД есть свой перфоманс монитор, поищите в утилитах к ней, но там можно только смотреть, что касается дисковой подсистемы (иопсы, чтение\запись, попадание в кэш и т.п.), проверьте, может какая политика включается во время тормозов (патрол рид например), может переключение каналов происходит, по которым СХД зацеплена к серверам, в логах у СХД нет критичных событий?