ram,

Очень мало вводной информации.
Вы уверены что на cisco-коммутаторах нет соответствующих ограничений по скорости на портах ?
Модель коммутаторов ? практически на всех из коробки есть поддержка STP(RSTP), петли можно исключить.
Резервирование каналов на cisco-коммутаторах настроено / ненастроено ?
Характер траффика проанализируйте, может пара тройка компов в сети генерят броадкаст запросы?
Сетевые карты на компах 100 мбитные ?
Желательно увидеть логическую схему сети и вывод show running-config на cisco оборудовании.