В windows 8.1 и windows 10 есть такая особенность - если у тебя есть папка с точкой в начале (напр., ".recovery", или ".general") - то при работе с ними (редактирование и сохранение файлов в них, архивации и др) папки автоматически принимают атрибут "Скрытый".

Как можно от этого избавиться на уровне ОС? Т.е. варианты для командной строки не предлагать, т.к. таких папок у меня очень много (больше тысячи), они хранятся в разных подпапках, и нужно чтобы windows не скрывала такие папки вовсе.

Да это-то понятно, сейчас так и работаю. Но это неудобно, т.к. показываются другие папки, которых тоже много, и которые не нужны.