Глупый вопрос. А зачем сервер каждый день перезагружать? Для экономии электроэнергии?

Ночью обычно делаются бэкапы, проверка на вирусы, еще что-нибудь... (или у вас не делается)?
Если есть беспокойство за время жизни сервера, то знайте что ресурс любого электрического девайса (например электролампы) снижается при включении оного.

Ладно, извини за уход от темы.
Бредовая идея №1: при автоматическом включении винчестер не успевает инициализироваться (или отдетектиться, если стоит автодетект).

Решения:
1а. Если есть опция в БИОСе (встречалась во времена 1-х пней) про boot delay или что-то в этом духе (пауза перед попыткой загрузки), то включить ее.

1б. Если включен автодетект, выключить его. Тогда в случае выполнения идеи (см. выше) будет не сообщение о невозможонсти загрузки, а сообщение о недоступности винта.

1в (бредовый совет на бредовую идею). Если нет boot delay то попробовать поставить в первую очередь на загрузку СДРом, флоповод блаблабла.

Значит получается что винты у тебя сказевые, а раз больше одного, то в Рейд-массиве. Тогда первым делом предлагаю открыть комп, пропылесосить если есть пыль и вытащить-вставить все разъемы, а заодно и винты из массива. Забэкапившись, ес-но.

Я не утверждаю, а просто предполагаю что где-то в массиве или разъем запылился или шлейф битый или еще как контакт плохой.