Мне известен только один способ хранения - в ветке HKEY_CLASSES_ROOT.
Например

HKEY_CLASSES_ROOT\.avi -> HKEY_CLASSES_ROOT\avifile -> HKEY_CLASSES_ROOT\avifile\DefaultIcon = 'C:\somefile.exe,0'
Для типов в которых ключа DefaultIcon нету принимается дефолтная икона shell32.dll,0

А теперь внимание!
Для некоторых расширений при отсуствии ключа DefaultIcon устанавливается икона shell32,72 (кажись) - листочек и две шестеренки ака "системный файл"
Как минимум это .386, .chk.
Внимание вопрос :). Почему? И как получить список остальных расширений для которых дефолтная икона "другая"?
Все вышесказанное актуально для WinXP Professional Edition.