Я недавно парился с клонированием windows server 2016...

Проще всего оказалось действовать по заветам Microsoft:
https://docs.microsoft.com/en-us/windows-hardware/manufacture/desktop/capture-and-apply-windows-using-a-single-wim

ЗЫ. Windows PE - не обязательно. Захват образа диска можно с бэкапа сделать на штатно работающем компе.
Краткая инструкция для себя

1. Делаем архивную копию "Восстановление системы" штатным бэкапом.

2. Размечаем новый диск DISKPART

ВНИМАНИЕ!!! disk ? - условность. НАДО ВЫБРАТЬ НОВЫЙ ДИСК.

ОШИБАТЬСЯ В ВЫБОРЕ НЕЛЬЗЯ!
---------------------------------------------------------
2.1. UEFI

select disk ?
clean
convert gpt

rem == 1. System partition =========================

create partition efi size=100
format quick fs=fat32 label="System"
assign letter="S"

rem == 2. Microsoft Reserved (MSR) partition =======
create partition msr size=16

rem == 3. Windows partition ========================
rem == a. Create the Windows partition ==========

create partition primary

rem == b. Create space for the recovery tools ===
rem == Это можно совместить с S:
shrink minimum=650

rem == c. Prepare the Windows partition =========

format quick fs=ntfs label="Windows"
assign letter="W"

rem === 4. Recovery tools partition ================
create partition primary
format quick fs=ntfs label="Recovery tools"
assign letter="R"
set id="de94bba4-06d1-4d40-a16a-bfd50179d6ac"
gpt attributes=0x8000000000000001

list volume
exit

2.2. BIOS

select disk ?
clean

rem == 1. System partition ======================

create partition primary size=100
format quick fs=ntfs label="System"
assign letter="S"
active

rem == 2. Windows partition =====================

rem == a. Create the Windows partition =======
create partition primary

rem == b. Create space for the recovery tools
rem == Это можно совместить с S:
shrink minimum=650

rem == c. Prepare the Windows partition ======
format quick fs=ntfs label="Windows"
assign letter="W"

rem == 3. Recovery tools partition ==============
create partition primary
format quick fs=ntfs label="Recovery"
assign letter="R"
set id=27

list volume
exit
=========================
получим диск с тремя разделами
S: - загрузка
W: - windows
R: - восстановление (Это можно совместить с S:)
=========================

3. Восстанавливаем на R:\ папку с тома "Раздел восстановления":\Recovery\WindowsRE

4. Восстанавливаем штатным бэкапом на W:\ "файлы и папки" с бэкапа C:\.

Можно сделать через DISM:

Монтируем виртуальный диск бэкапа C:. Пусть имя будет K:

DISM /image:K:\ /optimize-image /boot
DISM /Capture-Image /ImageFile:"D:\System.wim" /CaptureDir:K:\ /Name:System
DISM /Apply-Image /ImageFile:"D:\System.wim" /Index:1 /ApplyDir:W:\

Но BACKUP-ом быстрее.

5. Выполняем

DISM /image:W:\ /optimize-image /boot

rem == Copy boot files to the System partition ==
W:\Windows\System32\bcdboot W:\Windows /s S:

rem == Register the location of the recovery tools ==
W:\Windows\System32\Reagentc /Setreimage /Path R:\Recovery\WindowsRE /Target W:\Windows

rem == Verify the configuration status of the images. ==
W:\Windows\System32\Reagentc /Info /Target W:\Windows

6. Все