Мне тут вообщем что надо, то это

запустить некую A.exe программу из prog каталога
со всеми файлами из input каталога и его субдерикториями и эта программа возвратит результат который нужно записать в output каталог с такойже самой структурой.

Т.е.

допустим есть input каталог и там
input/A.java
input/subdir/B.java
input/subdir/aaaaa/B.java

нужно сделать каталоги
output/
output/subdir/
output/subdir/aaaaa/

и запустить
prog/A.exe input/A.java output/A.file
prog/A.exe input/subdir/A.java output/subdir/A.file
prog/A.exe input/subdir/aaaaa/A.java output/subdir/aaaaa/A.file


Думаю всё через bat сделать
но как начал делал вижу что совсем непонимаю этого bat
может под линукс легче?
или помогите под bat сделать

корневая папка>xcopy /e /t
Invalid number of parameters
a was unexpected at this time.

т.е. ещё + сам скрипт лежит в корневой

и пустые папки тоже нужно создать