а че fdisk-то говорит?
у меня дома, например, так сделано
в середине диска есть группа битых кластеров, хотя все вроде как разбивалось/форматировалось, переодически система падала и меня это затрахало
прицепил диск к другому компу (W2K), убил разделы, создал заново один большой раздел, отфарматировал винт (FAT), запустил старый DOSовский ndd, который успешно пометил все битые кластеры
после этого Partition Magic'ом разбил винт на три раздела так, что бы в середине получился небольшой раздел с битыми кластерами (нужно приблизительно представлять, где они начинаются и кончаются, я это узнал следя за работой ndd)
в конечном итоге получил два рабочих раздела, и один неиспользуемый и не форматируемый в середине
все работает и не падает уже около года