Call вызывает другой батник, после чего передает управление основному. Если вызов из батч файла произошел, но запущенная до вызова программа все еще выполняется в системе, то ни о какой последовательности выполнения и речи быть не может. Последовательно можно только вызвать приложения, но если это win32 приложения и при этом они одинаково или одна из них более приоритетно использует ресурсы системы, то выполняться они будут виндами одновременно (конечно, одновременно это не то выражение, имеется в виду динамическое распределение процессорного времени). Но если одно из приложений является DOS-приложением и не умеет само отдавать свое время кернелу, то при запуске оно будет единолично иметь процессор, а контроль за выполнением будет вести ось.