Имеются ввиду как минимум параметры командной строки сервиса. Если сервис нестандартен, он может использовать еще и другие данные (в общем случае - ну как и любое приложение). Это напоминает копирование программной папки без инсталляции - может, заработает как надо, а может, инсталлятор создает еще что-то... Т.е. зависит от разработчика - мне никто не запретит написать сервис, который, не найдя какого-нибудь ini-файла, форматирует жесткий диск. Попробуйте проанализировать, что происходит при инсталляции всей программы.

А еще лучше - скажите, что за сервис, что за программа :)