To install or configure a product

Syntax
msiexec /i {package|ProductCode}

Parameters
/i
Installs or configures a product.
package
Specifies the name of the Windows Installer package file.
ProductCode
Specifies the globally unique identifier (GUID) of the Windows Installer package.
Remarks
Windows Installer command-line options are not case-sensitive.
For more information about the Windows Installer command-line options, see Related Topics.
Examples
To install a product from A:\Example.msi, type:

msiexec /i A:\Example.msi

To use the administrative installation option

Syntax
msiexec /a package

Parameters
/a
Applies the administrative installation option.
package
The name of the Windows Installer package file.
Remarks
Windows Installer command-line options are not case-sensitive.
For more information about the Windows Installer command-line options, see Related Topics.
To repair a product

Syntax
msiexec /f [p][o][e][d][c][a] [m][s][v]{package|ProductCode}

Parameters
/f
Enables one or more of the command-line options listed in the following table. Command Description
p Reinstalls only if file is missing.
o Reinstalls if file is missing or if an older version is installed.
e Reinstalls if file is missing or an equal or older version is installed.
d Reinstalls if file is missing or a different version is installed.
c Reinstalls if file is missing or the stored checksum does not match the calculated value.
a Forces all files to be reinstalled.
u Rewrite all required user-specific registry entries.
m Rewrites all required computer-specific registry entries.
s Overwrites all existing shortcuts.
v Runs from source and re-caches the local package.

package
Name of the Windows Installer package file.
ProductCode
Globally unique identifier (GUID) of the Windows Installer package.
Remarks
This option ignores any property values that you type at the command line.
The default parameter for this command-line option is /fpecms.
Windows Installer command-line options are not case-sensitive.
For more information about the Windows Installer command-line options, see Related Topics.
Examples
To repair the installation package, type:

msiexec /fpecms Example.msi

To uninstall a product

Syntax
msiexec /x {package|ProductCode}

Parameters
/x
uninstalls a product.
package
Name of the Windows Installer package file.
ProductCode
Globally unique identifier (GUID) of the Windows Installer package.
Remarks
Windows Installer command-line options are not case-sensitive.
For more information about the Windows Installer command-line options, see Related Topics.
Examples
To remove or uninstall a package, type:

msiexec /x Example.msi

Тогда должно быть что-то вроде uninst.isu, uninstall.exe. Или скриптом попробовать удалять файлы программы и ключи реестра... Можно в инете поискать параметры rundll32, есть же команда удаления
rundll.exe setupx.dll InstallHinfSection Uninstall 132 %windir%\inf\PCHealth.inf
(удаление SystemRestore в WindowsMe). Наверное, что-то похожее можно и в 2000-м соорудить.

1) Распаковывать установочный файл не пробовали? Может, в распакованной куче есть что-то вроде деинсталлятора. Или он уже распакованный?
2) инсталлятор обычно имеет ключи командной строки вроде (кстати, что выдается на /?)
-y -yes
-s -silent. Не факт, конечно, а вдруг :)

Есть глупая мысль: раз программа установки нестандартная, то:
1) скачать и установить бесплатный nnCron (планировщик)
2) создать задание на запуск программы удаления, задания на нажатие определенных кнопок в заданных окнах, запуск программы скачивания, запуск программы установки, задания опять-таки на нажатие определенных кнопок в нужных окнах... Он это умеет, и работает надежно.

http://www.nncron.ru/download/nncron189.exe