NTUSER.DAT
NtUser.dat.LOG

эти два файла и отвечают за всё, за все установки
так что всё заново придется настраивать, под юзера

>и вообще - копирование этих файлов - это ведь не решение

в данном случае -решение,
либо винду переустанавливать, что равносильно крпированию этих файлов,

>по процессам смотрю - они запущены.

значит мароки с установками меньше.
вывести значки в трей проще, для некоторых достаточно снять/установить галки типа показывать в трее.

считай легко отделался. но проверь диск на плохие блоки и вирусы.
желательно подключив диск (не загрузочным) к другой машине. заодно и данные сохранить проще.