Вариант А. В лоб.
Что такое установленная программа?
1. файлы в программной папке
1.1 файлы в программной папке
1.2 файлы в других местах (Windows, System32, Common Files, etc.)
2. реестр
2.1 ключи и параметры настроек
2.2 GUID-ключи COM-объектов и прочего из той же серии
2.3 если используются службы, то еще и их параметры

Если у вас не стоит вопрос о снятии защиты при переносе на новое место, то можно начать с переноса программной папки и всех найденных веток реестра. Пробуем запустить, при этом смотрим filemon'ом и regmon'ом (www.sysinternals.com), чего не хватает (там фильтр есть, можно по названию ехе-файлов). И потихоньку восстанавливаем.

Вариант Б. Клонирование.
Используя Acronis Migrate Easy/True Image Server, делаем копию с жесткого диска той машины, где у вас установлена программа. На другой машине либо раскатываем образ, а потом доустаавливаем и донастраиваем тот софт, который раньше на ней был, либо (что правильнее) используя VMWare или MS Virtual PC, раскатываем образ на виртуальный ПК с помощью того же Акрониса. Если в том или другом случае машина (реальная или виртуальная) откажется грузиться, на ней надо будет переустановить ОС (загрузиться с компакт-диска ОС, после лиц.соглашения нажать R "repair existing installation")

Вариант В. Автоматизированный поиск отличий.
Запускаем Veritas Discover из пакета Veritas Winstall LE на чистой машине, потом на той, где установлена ваша программа, причем можно исхитриться подменить слепок "до" на машине, где установлена ваша программа, слепком "до" с "чистой". NAI-файл будет содержать отличия.
Чтобы не свихнуться, надо предварительно добиться максимального сходства в составе ПО и его настроек на обеих машинах.

Лично я бы успокоился на виртуалке (Б) :)