смотреть startup.sh, там идет вызов catalina.sh, поскольку вы вызываете томкат как сервис, то в качестве каталога берется корень файловой системы, где такого файла нет, вы по всем скриптам пройдитесь и поправьте вызовы с указанием полного пути, либо перед вызовом поставьте переход в нужный каталог. Я обычно выбираю первый...