Есть серверы которые проксируют трафик на гигабите (2 интерфейса, локальный и внешний).
Проксирует nginx.
Кроме этого имеется дисковая нагрузка. Есть проблема, что когда диск сильно нагружается, начинаются провалы в трафике, причем в iftop это выглядит так, что трафик падает в ноль а потом снова бижит. И так каждые несколько секунд пока диск не отпустит.

В nginx в общем-то логи отключены. В чем может быть проблема, куда рыть?

Оказалось лог был включен все же (error_log off; не отключает лог)
Посмотрим как будет...

Да.
Провалы вроде кончились, видимо в логах была причина все же...