oscol, постепенно или внезапно? после перезагрузки?

oscol, а я думаю, вы просто невнимательно наблюдаете. перезагрузки у вас внезапные и одновременно всей сетевой инфраструктуры?
допустим, в ядре настроено интерпретация системного времени как utc, там есть такая опция, но выставлено по виндовой привычке локальное.
linux загружается и выставляет время UTC, с поправкой на московскую зону получается +3 или +4 (от московского).
Если сеть нормально работает, то скрипты старта запускают ntpdate и выправляют время. В этом случае неправильную настройку заметить сложно.
Если сеть не успела подняться, то точное время взять неоткуда и оно так и остается неправильным. Это вы заметите.

Получается надо выставить соответствующим образом в зависимости от настроек ядра выставить время в биосе.