Для более точной диагностики попробовать команды
getent passwd
getent group
Должны быть перечислены доменные пользователи тоже.
Если их нет - до PAM-а дело недоходит. Если есть - проблема в конфигурации PAM-а
А вообще по моему опыту всё очень сильно менятся от версии к версии самбы и статья может не соотвествовать вашей версии. Вот рабочий вариант smb.conf для версии 3.0.26a + Windows 2003 с аутентификацией через winbind
#
[global]
workgroup = MYDOM
security = ADS
encrypt passwords = yes
log level = 3 passdb:2 auth:5 winbind:5 idmap:3
template shell = /bin/bash
template homedir =/home/%U
# задать реальные диапазоны
idmap uid = 2000-20000
idmap gid = 10000-20000
# idmap backend = ad
idmap domains = MYDOM
idmap config MYDOM:backend = ad
idmap config MYDOM:default = yes
idmap config MYDOM:schema_mode = sfu

winbind nss info = sfu
winbind use default domain = Yes
winbind enum users = yes
winbind enum groups= yes
domain logons = no
local master = no
realm = MYDOM.RU
wins server =
wins support = no
netbios name = LINUXSERVERNAME
add machine script =
preferred master = auto
password server = windowsdc.mydom.ru

Мишган-кабанчик,

а что id выдает для авторизованного через AD пользователя?
Какие uid и gid выдают getent passwd и getent group для все AD-пользователей и групп?

Какое значание idmap backend в smb.conf?