а циферки можно?
сделайте пожалуйста
#du -sh <точка_монтирования_вашего_диска>
#df -h

Какой структуры информация там хранится? У вас наверное много мелких файлов? И какая фс?

уф. От всех трёх вопросов увернулись. Ну да ладно.
Вообщем место не "может быть где-то скрыто". Тут 2 варианта:
1) Либо вы плохо смотрите на вывод
# ls -lAh
2) Либо не учитываете следующее:
файл не может занимать на диске места менее чем один кластер (за исключением некоторых фс, например reiserfs, где он записывается прямо в b-tree). Если вы имеете много мелких файлов/или слишком большой размер кластера, то место будет использоваться мягко говоря не оптимально. Размер файла и место, которое он занимает на диске - это две разные вещи.