Хм... инсталяторы многих (если не всех) дистрибутивов содержат утилиту для работы с разделами дисков. Если ты именно ставить собираешься, то выбери/создай подходящий раздел, а отформатируешь в ходе инсталяции. Найди доку по своему дистру. Там скорее всего все описано. Так что отформатировать не проблема. Проблема может быть в том, что ты хочешь ужать виндовый раздел без потери информации. Но по-моему это гимор и риск данные потерять всё равно велик. ИМХО лучше сделать бэкап всего нужного, спокойно перебить диск и с нуля поставить обе системы.