lissyaraя так подозреваю что этот гадский скрипт - ядро.
Может не стоит бороться, а написать свой скрипт который будет при загрузке создавать что нужнО?

Этот как вы сказали "гадский скрипт" называется НЕ ядро, а udev.

А чтобы сохранять все свои линки и прочее, эти самые линки и прочее можно засунуть в каталог /etc/udev/devices - при старте udev туда заглянет и все восстановит.

Ну а если вы меняете ПРАВА на файлы - то смотрите конфигурацию udev в файлах каталога /etc/udev - там все понятно аглицким по белому написано. Почему именно так? Потому, что при активизации устроства его специальный файл будет пересоздан с udev'ом с правами по умолчанию.