O'Relly можно не задумываясь брать

По Shell у нас было издано:

Unix Power tools ("Дрель") (среди автоов - сам Tim O'Relly!)
Другие тоже есть в электронике на аглицком - коллекции O'Relly по инету разбросаны, гугль рулит. (Classic Shell Scripting,Learning Korn Shell,Sed & awk и др.)

Из не O'Relly понравилась "Unix и Linux: программирование в Shell" (Д.Тейнсли)
И еще в сети есть весьма объемный мануал по Bash и такой же по gawk, на русский переведенные. Ссылки можно поискать.

Perl: основное что у нас издавалось по основам
Lama Book ("Изучаем Perl")
Camel Book ("Программирование на Perl")
Cookbook ("Perl библиотека программиста")

А дальше уже много разных по специальным разделам, море книжек в тех же коллекциях. Так много, что все не прочитать :-(

Из не O'Relly мне понравились

Л.Д.Штайн "Разработка сетевых программ на Perl"
С.Холзнер "Perl, специальный справочник"