для протокола tcp
iptables -A INPUT -p tcp --dport <номер порта> -j ACCEPT
iptables -A OUTPUT -p tcp --sport <номер порта> -j ACCEPT

для протокола udp
iptables -A INPUT -p udp --dport <номер порта> -j ACCEPT
iptables -A OUTPUT -p udp --sport <номер порта> -j ACCEPT

если для нескольких портов в указанных в переменной PORT через пробел

PORT="порт1 порт2 порт3"
PROT="tcp udp"
for i in $PROT
do
for j in $PORT
do
iptables -A INPUT -p $i --dport $j -j ACCEPT
iptables -A OUTPUT -p $i --sport $j -j ACCEPT
done
done