Хм, странный вопрос. Если Вы не видите скрипт configure, то с какой радости он должен выполниться?
Обычно в директорию с портом по команде make распаковывается архив, он лежит в отдельной папке, в которую нужно попасть и просмотреть на предмет скрипта configure.
Но, обычно все делают через make. make config для большинства приложений позволяет выбрать опции сборки. Касаемо mysql, у него config опции для make нет, но вроде пашет make configure.
Давеча собирал поддержку usc2 для mysql, как раз пришлось столкнуться с надобностью исполнить configure. Решилось все чтением Makefile'a, был найден необходимый параметр, и добавлен в /etc/make.conf. После исполнения команды make зашел в портовую директорию с архивом и просмотрел файл config.status (вроде) на предмет нужных строк. Они там были, значит все прошло нормально, делаем make install и все будет тип-топ. А можно было выполнить make configure с параметрами, но как мне показалось, обновление программы средствами portupgrade будет корректнее, если нужные опции хранить в /etc/make.conf.
Если вы собираетесь обновлять свою сборку с минимумом физических затрат, испробуйте именно такой вариант.