bochkov,

начнем с того к чему есть доступ? В принципе можно на свиче настроить зеркалирование порта, к которому подключен FTP и пытаться получаемый трафик как-то осмысленно записать, либо перед FTP поставить FTP-прокси и его средствами что-то делать.
Кстати используя зеркалирование из дампа трафика можно вытянуть логины/пароли(если ничего не путаю, то в FTP они передаются в открытом виде, без шифрования), а зная их можно уже на своем сервере клепать скрипт, который будет проверять наличие новых файлов и в случае чего их выкачивать

bochkovЕсли прокси ставить, то клиенту FTP
по идее знать об этом надо, чтобы параметры соединения перенастроить,
я правильно понял?
как настроишь, можно сделать прозрачно, так что клиенту вообще ничего менять не придется

bochkovДоступа нет на FreeBSD,
на Gentoo root
если доступ есть только к линуксовому серверу, то можно забыть про все. Нужен доступ к сетевой инфраструктуре