Ох, весьма непростая задача для новичка )

via85опции нужны для ssl трафикаА то что в репозтории - собрано без этих опций?

via85service squid выдает, что unrecognized serviceВпролне логично, команда service просматривает директорию стартовых скриптов и обращается к соответствующему из них. Команда make install устанавливает программу, но тем и ограничивается, в отличии от специально собранных rpm-пакетов. Не создается необходимое окружение - пользователь, группа, стартовый скрипт, необходимые директории с правильными владельцем/правами и т.д. Это все ручками.

via85squid -v ничего не показывает (command not found) - или ее надо из какого-то другого места запускать.А куда сквид поставился? Попробуйте указать полный путь к команде.

via85Никакого пользователя squid для установки создавать не надо?По хорошему, надо создать системного пользователя и группу, от имени которых будет работать сквид.

via85если squid уже стоит, то чтобы пересобрать его с указанными опциями, то нужно его удалять или же нет?В принципе, ничто не мешает держать на машине два разных сквида. Разумеется, если есть в этом оправданная необходимость.
Можно в принципе установить свою сборку поверх существующей. Не кошерно оно, конечно, но работать в принципе будет. Однако, да, с путями и зависимостями еще придется разобраться.

via85Сохранятся ли при этом настройки?Обычно при удалении ПО конфиги не удаляются. Однако, резервные копии пока еще никто не отменял.

via85перешел в /usr/local/squid/sbin, там ./squid - говорит Warning: Cannot write log file: /usr/local/squid/var/logs/cache.log /usr/local/squid/var/logs/cache.log: Permission deniedПроверить пути, права... При необходимости - поправить.

via85пробовал запускать ./squid -z из того же места, говорит Creatting missing swap directories. No cache dir stores are configured.В конфиге задано расположение кеша? Если да, то, возможно, конфиг не подцепился.