Это вы тут советуете как смотреть то, что должно быть. А топикстартер хочет видеть то, что есть.

Отличия очевидны - конфиг руками поменяли, nginx не перезапустили, например. Или вообще нжингс берет не тот конфиг, как вариант.

чтобы понять положение дел, нужно посмотреть какие порты кто слушает. Делаем
sudo netstat -nap

(без рута не показывается название приложения)
и смотрим кто слушает 80 порт. Тот кто слушает - тот и есть фронтэнд.
Вообще, не вижу ни одной причины, почему нельзя выбросить апач, если нгинкс уже все равно поставили. А для пхп юзать php-fpm. Апач - узкое место.