ronik55И почемуто логи не пишутся в файл. При этом есть другие логи log-error и простой log туда пишутся логи, все находится в одной дирректории, права на файлы одинаковые...

Еще может быть apparmor или selinux, который запрещает mysql доступ вне особо прописанных путей.
А точно ли все в одном каталоге ? обычно просто это создается в /var/log/mysql/
Попробуйте указать не полный путь, а относительный и поищите файл там где он создастся.