Что mysql-server запущен, надо полагать, проверили.

maytonЯж про это и толкую.Тогда уж толкуйте правильно, раз предлагаете проверить состояние сервера. Например, так:
Или, хотя бы, так:

В данном же случае ТС подключается через unix-сокет, а не через сетевой, который Вы предлагаете проверить. И такое подключение через unix-сокет будет успешным при отключенной в конфиге поддержке сетевых подключений, когда Ваш тест не пройдет.

Есть смысл посмотреть конфиг мускуля, мож там сокет эээ... незнамо где.
Ну и убедиться, что мускуль запущен именно с этим самым конфигом и аргументами запуска вообще.
По дефолту в последних версиях файл конфига указывается явно в аргументах запуска демона: --defaults-extra-file=/usr/local/etc/mysql/my.cnf, это делается в стартовом скрипте. Директивой mysql_optfile в /etc/rc.conf можно указать другой файл.
И дополнительные аргументы запуска могут быть указаны директивой mysql_args, они тоже в строку запуска попадают.

Вообще, дайте побольше информации. Какая версия мускуля. При после каких событий или действий пропал коннект. Может, что-то делали перед случившимся.

И, на всякий случай, мускуль обычно останавливается, когда место в /tmp заканчивается. С этим всё в порядке?