Вы когда обновляли, то обновляли с ключом -f, а pkg с этим ключом может удалить пакет, даже если от него зависят другие,
попробуйте сделать pkg check -d -a, вам выдадут нарушенные зависимости, а дальше все завсит от вашей квалификации, в простейшем случае удалите весь софт (pkg delete -af) и поставьте его заново, причем ставьте только те пакеты, с которыми работаете, типа mc, apache2, ну и так далее, вот и подтянутся все зависимости, и вообще читайте маны они рулез...