Karen__84vkle,
а тогда почему в правах -rwxr-xr-x есть X?
в правах выставляются привилегии на конкретный скрипт. А в самом скрипте происходит обращение к командам, которым для выполнения требуются повышенные привилегии. К тому же возможность исполнения под рядовым пользователем необходима, чтобы можно было воспользоваться sudo

Karen__84bga83,
Как можно узнать те комманды, для которых нужны привилегии root-а?
подход несколько не верный. Исходить надо из потребностей пользователя и привилегии, доступные через sudo, предоставлять на основе именно потребностей. То есть если надо предоставить пользователю право управлять демоном apache, то дать возможность через sudo запускать скрипт /etc/init.d/apache2, нужна возможность управлять всеми сервисами, то давать доступ через sudo к service (проще чем все скрипты из /etc/init.d/ прописывать). В крайнем случае остается возможность открыть через sudo возможность выполнять все что угодно. Но это ИМХО надо давать исключительно администратору сервера.