chabapokВчера с переходом от 30 июня-> 1июля по gmt была введена високосная секунда. Если что, вот статья про нее https://ru.wikipedia.org/wiki/Секунда_координации

И вроде ввели ее и ввели. 1сек, подумаешь... Но на машине запущен архиватор (работает под Java 8), которому от минус 1000мс порвало крышу: как это - время идет назад?

Грубо говоря, этот архиватор пишет каждые 20мс в базу время->значение, и когда время пошло назад, последовательность записей была нарушена. Ну, верней была бы, если бы я в архиваторе заранее бы не предусмотрел, чтобы он падал, если часы пошли назад.
В результет он у меня упал, выдав такое: Timer ERROR. Go back founded! newTime=1435708799006 currentTime=1435708799986 diff=-980 это как раз 23:59:59 по gmt

для таких программок я бы использовал CLOCK_MONOTONIC

chabapokИ вот вопрос. Что же это за ntpd такой, который двигает время взад? Вроде где-то на ntp.org обещали, что он таких нехорошестей делать не будет.

Кто ж тебе это обещал? NTP client подстраивает время хоста через adjtime. RTFM

chabapokВот как бы подстроить, чтобы впредь он такого не делал?
посоветуйте доку или настроечку.

см выше