В смысле, в выводе ls каталоги выделены тёмно-синим шрифтом и их плохо видно?

При подключении через Putty проще всего в его настройках поменять оттенок RGB (Settings -> Window -> Colours) для ANSI Blue на более яркий.

Если не подходит способ изменения через настройки терминала, то официальный метод - заменить в настройках среды переменную LS_COLORS на нужное значение. Надо запустить , отредактировать строку со словом DIR, поставить туда более подходящий цвет и выполнить

например, каталоги можно сделать пурпурного цвета, написав туда