При запуске скрипта мышкой, появляется этот диалог. Сам файл исполняемый.
В убунте, в nautilus есть настройка "Поведение", где этот диалог можно отключить. В deepin я такого не нашел. Может плохо искал и кто подскажет куда копать?
Да, из консоли все понятно, вопросов нет.