Если они у тебя применяются при перезагрузке, то логично предположить, что нужный вызов есть в стартовом скрипте. В этом случае:



от имени root. Путь может оказаться /etc/init.d/ в некоторых дистрах

Вообще почитай этот скрипт /etc/rc.d/init.d/iptables обнаружишь много интересного для себя. Помимо start, stop, restart там, кажется, еще есть параметр save. Его полезно использовать, если ты в интерактиве изменил правила и хочешь, чтобы они действовали и дальше. (Детали могу напутать, так как я не использую System V init для файрвола, у меня нужные команды в ppp-up.local прописаны, дайлап, блин, Ip непостоянный)