У меня стоит следующим образом:
В mbr сидит начальный загрузчик windows ntldr
В файле boot.ini прописана строчка
C:\linux.mbr = "Linux"
где linux.mbr файл где хранится загр запись linux

Как ее получить?
При установке linux ставишь lilo не в mbr а в /boot (можно и в корневой )раздел linux --- к примеру /dev/hda3

При загруж linux говоришь
dd if=/dev/hda3 of=/root/linux.mbr bs=1

linux.mbr есть искомый