Не-не, если ставил из портов -- надо внимательно читать, что они пишут)
А пишут они, что, мол, если хотите использовать перл, идущий с системой -- напишите
а если из портов -- то
То есть да, дело в линках, но есть способ проще, чем руками их ковырять)

В самом конце должен был написать...
perl
Installation of Perl distribution is finished. Please note, that
since Perl is also in the base system, this distribution will not
be used by default.

If you want this version of Perl to be used by default, please type

use.perl port

Правда, там ещё два экрана текста после этого вываливается)

ЗЫ. Порты свежие?,)
Просто ещё вчера там был perl-5.8.5 c открытой уязвимостью:
Affected package: perl-5.8.5
Type of problem: perl -- File::Path insecure file/directory permissions.
Reference: <http://www.FreeBSD.org/ports/portaudit/c418d472-6bd1-11d9-93ca-000a95bc6fae.html>
А сегодня уже 5.8.6
Если нет, а надумаешь обновиться -- лучше руками залей сорцы в /usr/ports/distfiles/ откуда-нибудь отсюда: http://ftp.funet.fi/pub/CPAN/src/perl-5.8.6.tar.bz2
На основном сервере ажиотаж такой, что качается со скоростью 1-2 кб/с..(

Что, слишком много ответа на простой вопрос?)
Просто когда-то я сам на эти грабли наступил, не мог понять в чём дело...
А остальное... Сам только что на серверах обновлял перл, на первом прождал минут 20, пока сорцы скачаются, на остальных надоело, подумал, мож ещё кому интересующемуся перлом на фре полезно окажется)

Доставить из портов эти два модуля:
p5-DBD-mysql40-2.9004_1 MySQL 4.0 driver for the Perl5 Database Interface (DBI)
p5-DBI-1.46 The perl5 Database Interface. Required for DBD::* modules
(ну, если не 4.0, то, соответственно, с нужными цифирями)