torsНа виртуальной машине freebsd,
коммнда mount выдает 2 точки монтирования.
Установил на смартфон terminal emulator.
Выполнил команду mount.
Больше 10 точек монтирования.
Что за нах?

Так это чтобы вы наглядно поняли разницу между активно развивающейся системой на сравнительно высоко доходном рынке и загнивающей платформе для волосачей.
Просто в андроиде много всего и активно используется интерфейсы в виде файловых систем.

[b]Но вопрос не в этом.
У меня на sd карте 2 раздела.
После перепрошивки - видит только один.

Ну бывает. Развитие всегда через ошибки.
Может, просто не делать так ?

Где прописано монтирование второго раздела?

Да где угодно. Это скорее вопрос по андроиду, чем к unix-форуму. Отсутствие строк в fstab не запрещает монтировать просто командой.