В баш_профайл ни к чему, вдруг один из пользователей сменит себе шел по дефолту? Может стоит разобраться откуда в вашей системе ноги растут у уже предустановленных переменных окружения и сделать по аналогии?
По поводу суси не скажу, а вот например:
1) в Gentoo для этого есть файлы /etc/env.d/XXyyyyy которые описывают различные переменные окружения, есть env-update, который эти файлы читает и мёржит в один /etc/profile.env, который в свою очередь подключается напрямую из ненавистного Вами /etc/profile :-)
2) в пересборках RHEL , а конкретнее в CentOS , есть такой /etc/profile.d/ в котором лежат sh и ksh файлы с декларами, которые тоже в свою очередь выполняются из /etc/profile :-)

А чем вам не нравится вариант с /etc/profile ?