Если у вас конкретная задача - скопировать файлы работающей виртуальной машины, надо почитать доку к ПО виртуализации. Скорее всего оно поддерживает режим (freeze), когда датафайлы машины не меняются, а все изменения пишутся куда-нибудь в лог, с последующим накатом (unfreeze)

В общем же случае в линухе, вам нужно заблокировать запись к определенному файлу, что может быть сделано с помощью chmod или более глобально переводом соотв. раздела в режим ридонли. Что конечно скажется черевато на всех запущенных процессах, которым требуется запись в эти файлы.

Ещё как подсказывает коллега-линуксоид, в ядре планируется новая фича Filesystem freeze (http://kernelnewbies.org/Linux_2_6_29#head-b6c330f9e6d252b514138f042ac9b01e9d4170ca) но это лишь планы