<?php
require_once('../config.php');        //конфигурационные данные - напр: параметры подключения к MySQL
require_once('inc/load.php');         // Создаю константы на основе конфигурационных данных на config.php - например define('DBHOST', $CFG->dbhost);
require_once('inc/conn.php');         // MySQL connect
require_once('inc/sitename.php');   //Читаю названия и другие параметры сайта из DB
require_once('header.php');          // HEADER сайта
require_once('top2.php');            // логотипы и так далее
require_once('inc/functions.php');   // используемые функции  
top_menu();                             //отображаем меню сайта
...
?>

$mysqli = new mysqli(DBHOST, DBUSER, DBPASS, DBNAME);
if ($mysqli->connect_errno) 
{
echo "Не удалось подключиться к MySQL: (" . $mysqli->connect_errno . ") " . $mysqli->connect_error;
}

function top_menu()
{
$sql  = "Select элементы_меню from table";
if ($result = $mysqli->query($sql)) 
{ ...
   while($obj = $result->fetch_object()){ 
         ...
	echo 'Отображаем меню';
         ...
        }
...
} 
$result->close(); 
unset($obj); 
unset($sql); 
unset($query); 
}

...
if (isset($_GET["l"]))
{
  $link=$_GET["l"];
  $file = "rep/report".$link.".php";
  if (file_exists($file)) 
  {
    require_once($file);
  }
...

...
echo '<span class="m-dotted" id="#coursecount" onclick="$(\'#coursecountModal\').arcticmodal()">'. get_count($course) .'</span>';
...
echo '<div class="g-hidden">';
echo '<div class="b-modal" id="coursecountModal">';
echo '<center><iframe width="800" height="600" src="coursecount.php" frameborder="0" allowfullscreen></iframe></center>';
echo '</div>';
echo '</div>';
...