Дано проект написанный на Zend FrameWork 1.12
Структура каталогов проекта стандартная.
Со временем были добавлены тесты в корень в каталог tests
Потом были добавлены скрипты развертывания и обновления.
Сейчас добавляются описания для запаковки проекта в пакет.

Собственно вопрос: а существует ли какой-либо "best practice" по организации структуры каталогов проекта?
То как сделано сейчас не нравится ибо слишком много лишних каталогов на верхнем уровне. Вариант "Как удобнее" тоже не нравится так как ни как не удобно, как в анекдоте про профессора и бороду.