"Умный способ" - это хранить все в одном формате. Но вам, видимо, он не подошел, так что делайте, как получится.

Я бы, конечно, "нормализовал" данные в хранилище и впредь сохранял только в "нормализованном" виде.

При определенных условиях адреса можно хранить и в "урезанном" виде. Например, в сервисе парковки доменов адреса для переадресации хранятся без http[s]:// и первого www., а сборка выполняется непосредственно в функции redirect (по битам "HTTPS" и "WWW"). При добавлении адреса, естественно, выполняется его урезание (с установкой значений соответствующих битов). Заодно и корректность адреса в плане наличия приставки http[s]:// проверяется.