Это не дыра, это на сервере не установлен (или не настроен) обработчик файлов .php, а может и сам PHP отсутствует.
Читайте про настройку nginx + php-fpm.

aTOMICwARfAREна обычном domain.ru все работает

Когда нахожусь на domain.ru/service и вдруг в адресном строке подписываю www. получаю www.domain.ru/service , нажав "Ввод" страница не прогружается
Вот тут сразу два вопроса.

1. Формально, domain.ru и www.domain.ru - это различные домены и
а) они могут обслуживаться разными серверами или
б) одним сервером но с разными настройками для разных доменов.
Из сказанного выше ситуация совершенно не ясна.

2. Не понятно, на домене www.domain.ru не работает только вариант обращения к директории /service или не работает так же и обращение к корню сайта, к каким-то другим страницам.